В Армении расположены несколько озер, самое большое из которых - озеро Севан (Национальный парк Севан). Кроме рек и озер, в Армении построено несколько водохранилищ (включая Ахурян, озеро Арпи, Абаран, Азат, Спандарян и Толорс), помогающих регулировать водоснабжение в стране. Обширные болота и торфяники расположены в Араратской долине, в Ашотском районе и районе Джегаркуник.
6 июля 1993 г. Армения стала участником международного значения Конвенции по водно-болотным угодьям (Рамсарской Конвенции), в особенности в качестве местообитания водоплавающих птиц. Две области особо упомянуты в Списке водно-болотных угодий международного значения: озеро Севан с его бассейном и озеро Арпи с окружающими болотами.
| Семейство | Виды |
| Cyperaceae | 73 |
| Potamogetonaceae | 49 |
| Fabaceae | 25 |
| Cariophilaceae | 16 |
| Ranunculaceae | 15 |
| Asteraceae | 14 |
| Juncaceae | 13 |
| Salicaceae | 13 |
| Polygonaceae | 13 |
Различные
виды коловраток ассоциируются с различными водоемами. Наиболее частотные
включают Brachionus rubens, Ketatella quadrata, Filinia
longiseta, Pedalia fennica и Conochilus hippocrepis.
Наибольшее разнообразие коловраток раньше встречалось в озерах Севан, Арпи
и Гилли (хотя последнее позже было осушено). Среди ракообразных встречаются
как планктонные, так и пелагические формы. Обыкновенные виды включают Chirocephalus
skorikowi (в частности, вблизи озера Севан) и Lepthesteria dahalensis
(районы Лори и Севан). В Армении всего зафиксировано 16 видов Phyllopoda.
Веслоногие ракообразные включают Diaptomus and Cyclops.
Озера Севан и Арпи, а также Араратская долина крайне важны для болотных птиц и используются перелетными видами. Всего в этих областях обитают 145 видов болотных и водоплавающих птиц. Угрозу водно-болотным угодьям в Армении ясно демонстрируют изменения на озере Севан. Это большое высокогорное озеро является предметом чрезвычайной важности для Армении с учетом его запасов воды, экологической роли и уникальной фауны и флоры. Озеро Севан фактически представляет собой важный резервуар питьевой воды для Армении и Южно-Кавказского региона в целом.
С
1930-х годов развитие промышленного, сельскохозяйственного и энергетического
секторов опиралось на водные ресурсы озера Севан. Отвод воды из него снабжал
ирригационные системы и гидроэлекторстанции ниже по течению. Вода из озера
Севан орошала около 100 000 га земель и производила более 2,5 миллионов
кВт электроэнергии, являясь важным фактором социально-экономического развития
страны. Тем не менее, столь значительный забор воды привел к серьезному
экологическому бедствию и существенно понизил уровень воды в озере. С 1933
года уровень воды упал на 19 метров, а ее общий объем сократился на 42%.
Результатом было повышение средней температуры воды в озере и снижение
уровней оксигенации, что привело к эвтрофикации и "цветению воды". Первые
признаки эвтрофикации озера были замечены в 1964 году, когда в озере зацвели
цианобактерии.
Понижение уровня воды повлияло на всю водосборную площадь Севана. Около 10 000 га окружающих озеро болотистых и заболачивающихся площадей осушились, а также высохло озеро Гилли.
Осушение озера также имело важное значение для биоразнообразия озера
и прилегающих территорий. Считается, что в результате него сократились
популяции более 60 видов растений. В самом озере исчезли основные места
размножения ихшана, сократились популяции этого и других эндемических видов
рыб. Севанские болота ранее использовались почти 160 видами перелетных
птиц, из которых сейчас зафиксировано лишь 50. Сейчас на всей водосборной
площади Севана гнездится меньше птиц, чем в 1939 году только на озере Гилли,
а популяции водоплавающих птиц продолжают сокращаться. Популяции и разнообразие
видов млекопитающих и рептилий в этом районе также существенно сократились,
и некоторые виды причислены к исчезающим.