Основу управления водными ресурсами составляют разрешения на специальное водопользование, которые регламентируют объемы забора свежей воды и сброса сточных вод, а также концентрации загрязняющих веществ в сточных водах, сбрасываемых промышленными, коммунальными и сельскохозяйственными предприятиями.

За превышение установленных разрешениями лимитов забора и сброса, а также допустимых концентраций загрязняющих веществ в сточных водах ставки экологического налога увеличиваются: в 10 раз за забор воды сверх лимита и в 15 раз за сброс сточных вод сверх лимита или превышение допустимых концентраций. В случае аварийного сброса предусмотрен штраф, зависящий от количества загрязняющего вещества, попавшего в водный объект. Средства, поступившие в государственный бюджет в виде экологического налога и штрафов за нарушение водного законодательства, поступают в целевой бюджетный фонд и расходуются на разработку и реализацию природоохранных мероприятий.

Структура основных органов управления водными ресурсами Республики Беларусь приведена на рис.